În ceea ce priveşte dezavantajele, se vorbeşte mult despre costurile pe care vor trebui să le plătească diverşi agenţi economici, în special cei de mediu, pentru a se alinia la standardele de mediu cerute de Comisia Europeană.
În general, dezavantajele integrării ţin de costurile pe care le va suporta atât statul, cât şi cetăţenii în parte. Este vorba despre costurile publice, care vor fi acoperite din bugetul de stat, costurile private, care vor fi suportate de întreprinderi, societăţi, agenţi economici, dar şi costuri individuale. Acestea din urmă vor fi lpătite de fiecare cetăţean pentru diverse reforme.
Şi cetăţenii au identificat câteva dezavantaje, participând la sondajele sociologice. Astfel, principalul dezavantaj al integrării Republicii Moldova în UE ar fi creşterea preţurilor. Aproape jumătate din populaţie ar crede acest lucru. Aproape o pătrime dintre oameni consideră că fenomenul migraţiei va lua proporţii, iar în jur de 20 la sută susţin că se va circula mai greu în ţările CSI.
